คลังผลงานวิจัย กรมวิชาการเกษตร

เวอร์ชั่นเต็ม: การพัฒนาและคัดเลือกเครื่องหมายโมเลกุล SSR บนลำดับนิวโคลีโอไทด์ของอ้อยป่า E. arundinac
การพัฒนาและคัดเลือกเครื่องหมายโมเลกุล SSR บนลำดับนิวโคลีโอไทด์ของอ้อยป่า Erianthus arundinaceus
วีรกรณ์ แสงไสย์, เบญจวรรณ รัตวัตร, ศุภรัตน์ ศรีทะวงษ์, ศุจิรัตน์ สงวนรังศิริกุล และอัมราวรรณ ทิพยวัฒน์

          การพัฒนาเครื่องหมายโมเลกุล SSR จากข้อมูลลำดับนิวคลีโอไทด์ของอ้อยป่า E. arundinaceus ด้วยเทคโนโลยีการวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์ยุคใหม่ next generation sequencing (NGS) ได้นาลำดับ นิวคลีโอไทด์ของอ้อยป่าจากญี่ปุ่น 2 หมายเลข และอินโดนีเชีย 1 หมายเลข พบจำนวน read (เป็นลำดับนิวคลีโอไทด์สายสั้นๆ) และตำแหน่งนิวคลีโอไทด์ทับซ้อนกัน (contig) ใช้เป็นลำดับนิวคลีโอไทด์อ้างอิง เพื่อวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์ในแต่ละจีโนไทป์ บริเวณที่เป็นเครื่องหมายโมเลกุล SSR โดยใช้ออกแบบไพร์เมอร์จำนวนทั้งหมด 2,500 คู่ ข้อมูลทั้งหมด 672 ตำแหน่ง เพื่อใช้ในการคัดเลือกสำหรับสังเคราะห์ไพร์เมอร์ จากนั้นเลือกไพรเมอร์ 344 คู่ เพื่อใช้ประเมินสำหรับการเพิ่มปริมาณและตรวจสอบความแตกต่างของขนาดดีเอ็นเอของอ้อยป่า E. arundinaceus ในประเทศไทย โดยมีบางคู่ไพร์เมอร์ของยีน SSR จาก E. arundinaceus ถูกใช้ในการคัดเลือกอ้อยในกลุ่ม Saccharum และ Miscanthus