การแบ่งส่วนราชการกรมวิชาการเกษตร มีดังนี้

(๑) สํานักงานเลขานุการกรม
(๒) กองการเจ้าหน้าที่
(๓) กองคลัง
(๔) กองแผนงานและวิชาการ
(๕) กองพัฒนาระบบและรับรองมาตรฐานสินค้าพืช
(๖) กองวิจัยพัฒนาปัจจัยการผลิตทางการเกษตร
(๗) กองวิจัยและพัฒนาวิทยาการหลังการเก็บเกี่ยวและแปรรูปผลิตผลเกษตร
(๘) ศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร
(๙) สถาบันวิจัยเกษตรวิศวกรรม
(๑๐) สถาบันวิจัยพืชไร่และพืชทดแทนพลังงาน
(๑๑) สถาบันวิจัยพืชสวน
(๑๒) สํานักควบคุมพืชและวัสดุการเกษตร
(๑๓) สํานักคุ้มครองพันธุ์พืช
(๑๔) สํานักวิจัยพัฒนาการอารักขาพืช
(๑๕) สํานักวิจัยพัฒนาเทคโนโลยีชีวภาพ
(๑๖)-(๒๓) สํานักวิจัยและพัฒนาการเกษตร เขตที่ ๑ – ๘

หน่วยงานจัดตั้งภายใน

(๒๔) สำนักนิติการ
(๒๕) กองประสานงานโครงการพระราชดำริ
(๒๖) กองการยาง
(๒๗) กองวิจัยพัฒนาเมล็ดพันธุ์พืช

ดูรายละเอียดกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการกรมวิชาการเกษตร กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ พ.ศ. ๒๕๕๗