1) สำนักงานอธิบดี-รองอธิบดี และสำนักผู้เชี่ยวชาญ

2) กลุ่มตรวจสอบภายใน

3) กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร

4) สำนักนิติการ

5) สำนักที่ปรึกษากรมวิชาการเกษตร

6) ศูนย์ปฏิบัติการต่อต้านการทุจริต กรมวิชาการเกษตร

7) สำนักงานเลขานุการกรม

8) ศูนย์ราชการสะดวก

9) กองการเจ้าหน้าที่

10) กองคลัง

11) กองแผนงานและวิชาการ

12) ศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร

13) สำนักคุ้มครองพันธุ์พืช

14) สถาบันวิจัยเกษตรวิศวกรรม

15) สถาบันวิจัยพืชไร่และพืชทดแทนพลังงาน

16) สถาบันวิจัยพืชสวน

17) กองการยาง

18) สำนักควบคุมพืชและวัสดุการเกษตร 

19) สำนักวิจัยพัฒนาการอารักขาพืช

20) สำนักวิจัยพัฒนาเทคโนโลยีชีวภาพ

21) กองวิจัยพัฒนาปัจจัยการผลิตทางการเกษตร

22) กองวิจัยและพัฒนาวิทยาการหลังการเก็บเกี่ยวและแปรรูปผลิตผลเกษตร

23) กองพัฒนาระบบและรับรองมาตรฐานสินค้าพืช

24) กองประสานงานโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ

25) กองวิจัยพัฒนาเมล็ดพันธุ์พืช

26) สำนักวิจัยและพัฒนาการเกษตรเขตที่ 1

27) สำนักวิจัยและพัฒนาการเกษตรเขตที่ 2

28) สำนักวิจัยและพัฒนาการเกษตรเขตที่ 3

29) สำนักวิจัยและพัฒนาการเกษตรเขตที่ 4

30) สำนักวิจัยและพัฒนาการเกษตรเขตที่ 5

31) สำนักวิจัยและพัฒนาการเกษตรเขตที่ 6

32) สำนักวิจัยและพัฒนาการเกษตรเขตที่ 7

33) สำนักวิจัยและพัฒนาการเกษตรเขตที่ 8