1) สำนักอธิบดี สำนักงานรองอธิบดี และสำนักผู้เชี่ยวชาญ

2) กลุ่มตรวจสอบภายใน

3) กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร

4) สำนักนิติการ

5) สำนักที่ปรึกษากรมวิชาการเกษตร

6) ศูนย์ปฏิบัติการต่อต้านการทุจริต กรมวิชาการเกษตร

7) สำนักงานเลขานุการกรม

8) ศูนย์ราชการสะดวก

9) กองบริหารทรัพยากรบุคคล

10) กองบริหารการคลัง

11) กองยุทธศาสตร์และแผนงาน

12) ศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร

13) กองคุ้มครองพันธุ์พืช

14) สถาบันวิจัยเกษตรวิศวกรรม

15) สถาบันวิจัยพืชไร่และพืชทดแทนพลังงาน

16) สถาบันวิจัยพืชสวน

17) กองการยาง

18) กองควบคุมพืชและวัสดุการเกษตร 

19) กองวิจัยพัฒนาการอารักขาพืช

20) กองวิจัยพัฒนาเทคโนโลยีชีวภาพ

21) กองวิจัยพัฒนาปัจจัยการผลิตทางการเกษตร

22) กองวิจัยและพัฒนาวิทยาการหลังการเก็บเกี่ยวและแปรรูปผลิตผลเกษตร

23) กองพัฒนาระบบและรับรองมาตรฐานสินค้าพืช

24) กองประสานงานโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ

25) กองวิจัยพัฒนาเมล็ดพันธุ์พืช

26) สำนักงานวิจัยและพัฒนาการเกษตรเขตที่ 1

27) สำนักงานวิจัยและพัฒนาการเกษตรเขตที่ 2

28) สำนักงานวิจัยและพัฒนาการเกษตรเขตที่ 3

29) สำนักงานวิจัยและพัฒนาการเกษตรเขตที่ 4

30) สำนักงานวิจัยและพัฒนาการเกษตรเขตที่ 5

31) สำนักงานวิจัยและพัฒนาการเกษตรเขตที่ 6

32) สำนักงานวิจัยและพัฒนาการเกษตรเขตที่ 7

33) สำนักงานวิจัยและพัฒนาการเกษตรเขตที่ 8