การแบ่งส่วนราชการกรมวิชาการเกษตร มีดังนี้

(๑) สํานักงานเลขานุการกรม
(๒) กองคุ้มครองพันธุ์พืช
(๓) กองควบคุมพืชและวัสดุการเกษตร
(๔) กองบริหารการคลัง
(๕) กองบริหารทรัพยากรบุคคล
(๖) กองพัฒนาระบบและรับรองมาตรฐานสินค้าพืช
(๗) กองยุทธศาสตร์และแผนงาน
(๘) กองวิจัยพัฒนาการอารักขาพืช
(๙) กองวิจัยพัฒนาเทคโนโลยีชีวภาพ
(๑๐) กองวิจัยพัฒนาปัจจัยการผลิตทางการเกษตร
(๑๑) กองวิจัยพัฒนาวิทยาการหลังการเก็บเกี่ยวและแปรรูปผลิตผลเกษตร
(๑๒) ศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร
(๑๓) สถาบันวิจัยเกษตรวิศวกรรม
(๑๔) สถาบันวิจัยพืชไร่และพืชทดแทนพลังงาน
(๑๕) สถาบันวิจัยพืชสวน
(๑๖)-(๒๓) สํานักงานวิจัยและพัฒนาการเกษตร เขตที่ ๑ – ๘

หน่วยงานจัดตั้งภายใน

(๒๔) สำนักนิติการ
(๒๕) กองประสานงานโครงการพระราชดำริ
(๒๖) กองวิจัยพัฒนาเมล็ดพันธุ์พืช
(๒๗) กองวิจัยพัฒนาพืชเศรษฐกิจใหม่และการจัดการก๊าซเรือนกระจกสำหรับภาคเกษตร

ดูรายละเอียดกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการกรมวิชาการเกษตร กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ พ.ศ. ๒๕๕๗
ดูรายละเอียดกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการกรมวิชาการเกษตร กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ พ.ศ. ๒๕๖๙